因著文史者採用南明年號而遭冤獄的尚有這方孝標案，此案由戴名世案牽連而來，兩案併案處理，株連受死、入獄、流放者百多人。起於明時的桐城學派在江南影響廣泛，桐城學派中的戴名世、方孝標兩族乃桐城學派中的佼佼者，甚具威望，方孝標侄孫方苞更是一代文史大家。然而戴名世案發時候，方孝標早已亡故，但滿清統治者喪心病狂的竟然將其屍身挫骨揚灰，統治者這樣的心胸無不讓漢人學子扼腕悲嘆。

　　安徽桐城方家以古文名世，輩輩有才人，文風衍盛不衰，可以稱謂為世代書香，為我國明代中葉以來，學術文化與道德上，歷史貢獻最著之家族。便是近代與當代，桐城方氏都可謂是名人輩出，大家如雲.。如方宗誠、方東樹、方守敦， 方孝嶽，方東美， 方令孺，方圭德（舒蕪），方治，方鴻壽，方子哥，方兆祥等等，當然錢中書老爺子的小說《圍城》裡的方鴻漸是不算數的，但也看出錢老以鴻漸姓方，書中也說是歷代書香，說不準便是對映這方家。

　　桐城方氏不但創造了博大精深的“桐城方氏易學學派”，而且還開創了主導清文壇兩百多年的“桐城派”。對名滿天下的書香世家桐城方氏，梁實秋曾不無誇張地說：“桐城方氏，其門望之隆也許是僅次於曲阜孔氏。”朱彝尊雲：“方氏門才之盛，甲於皖口，明善先生實浚其源。東南學者，推為幟志焉。”桐城方氏把方氏書香文化傳統發揚到了登峰造極的地步，也為方氏揚名立世作出巨大的貢獻，然而方家也曾蒙冤在這文字獄上。

　　方孝標，原名玄成，避康熙帝玄燁諱，以字行，一字元錫，別號樓岡，安徽桐城人。明萬曆四十五年（1617年）出生，清順治六年（1649年）進士，官至內弘文院侍讀學士，充經筵講官。其父方拱乾在明朝天啟年間就頗具文才，崇禎元年中得進士。清朝入關後，剪了辮子，入宮做了少詹事。（就是輔導太子的官，俗稱東宮官，明朝洪武年間設立，康熙五十一年（1712年），廢立皇太子後罷官署。

　　乾隆十八年（1753年）諭：“詹事府東宮僚佐，儲貳未建，其官原可不設，第以翰林敘進之階，姑留以備詞臣遷轉地耳”，自此以後，詹事府官員專備翰林院遷轉之資。）但之後不久，方拱乾因江南科場舞弊案被劾納賄作弊，曾一度發配寧古塔。方孝標因父之罪亦遭流放，此前他已是弘文院侍讀學士，兩年後方孝標獲釋，有一說法是說在康熙二年（1663年）方孝標大概是受朝廷委派到雲南受吳三桂翰林職銜而滯留雲南。吳三桂叛亂敗露，他率先投降，得免於死，之後因其文采被康熙的哥哥大將軍裕親王福全授以國書龍牌，回到了南京。在南京，方孝標遁跡為僧，法名方空。他根據在滇、黔時所見所聞明末清初事，寫了《滇黔紀聞》一書。另一說法是方孝標到雲南訪親探友、遊山玩水，吳三桂知曉方孝標文才卓著因而將其強制留在屬下為官。戴名世案發後，方孝標已經亡故，因戴名世所著作《南山集》中論述有方孝標的《滇黔紀聞》一書，而此書中所記時日都以南明的“弘光”、“隆武”、“永曆”為列比《南山集》更甚，著作《南山集》的戴名世因此坐案，自然方孝標更不能放過，即便此時其人只是些屍骨了，為謝“國恨”，一世英名的康熙竟然允准將方孝標挫骨揚灰的建議，罪名是喪心狂逆，文中多有悖亂之言，罔識君親之大義，國法之所不侑，天理之所不容，即便已死也要罪及，於是上演了一幕開關戮屍，挫骨揚灰的醜劇，另文人無不髮指。方孝標已死尚被罪及，其子孫及族人更是不被放過，其子方登嶧等人一律斬絕，族中女子，除了嫁人的外，都流亡寧古塔充做官奴。之後在康熙五十二年（1713年），康熙似乎覺得戴、方一案殺戮太重，下旨將方登嶧等方孝標的子侄從寬免死。

　　吳三桂之亂可能讓康熙太過嫉恨，因而做過吳三桂屬下官職的人同時亦遭康熙憤恨，對於方孝標案，康熙下旨，意思說：此案已經與朝中大臣商議，案子內牽連的方姓人都是十惡不赦，喪心逆狂之徒，那個方光琛還竟然當了吳三桂的丞相，方孝標也曾在吳三桂手下當過大官，這等悖逆朝廷聖恩，為虎作倀之人不對其挫骨揚灰顯然不能平朕心恨，康熙還下令將方氏族人遷出原籍，不能留於本地。這樣的懲處也太過了，既然已經對方孝標挫骨揚灰，對其子孫、親族中妻女都流放為奴，還要牽涉其他旁支族裔遷往他地，專制帝王之殘忍，不通清理可見一斑。其實在這裡康熙帝以及一干查審大員犯了個“張冠李戴”的錯誤，在吳三桂手下做宰相的方光琛並非是桐城方氏一族，跟方孝標並無族緣關係。方光琛乃安徽歙縣人，他的兒子方學詩等人也在吳三桂屬下為官，戴名世《南山集》中所提及的方學士並非是指方孝標，而是指的這方光琛的兒子方學詩，康熙還曾問過廷臣，此方學士可否為漏網之方學詩耶，廷臣答說不曉得，由於詩與士翻譯為滿語後同音，因而將方學詩誤以為就是方學士，後來再翻查族譜，採曉得歙洲方氏與桐城方氏並無血親關係。

　　康熙亡故，雍正即位後大赦，受連累的方氏族人也被赦免、準允歸回原籍。康熙帝在有史以來的諸多帝王中以聖明卓著，其賢德之名不在唐太宗李世民之下，唐帝李氏一族乃鮮卑後裔這似乎已是共識，李世民胸襟廣闊並無華夷之別，也未見其對先朝遺老懷舊之文有殺戮撻伐之事，這康熙皇帝枉虧曉得西方的物理算術，通達之下竟不能容忍幾個舊朝年號，其心之“小”也映照出其“卑醜”。而作為戴、方兩案的發難者趙申喬更是其心卑鄙，有人議論說是趙申喬之子和戴名世同科，趙詔熊狀元，戴名世榜眼，可能因此結怨，此說也有可能，當時戴名世享有盛名，時論也以為狀元非戴莫屬，但最後欽點的卻是趙申喬的兒子趙詔熊。當時人就以此以為趙申喬從中做了什麼手腳，可能連戴名世也是如此認為。誤會之下，結怨完全可能。若真是如此，趙申喬矯情的說自己忠君愛國與耿直就更顯得卑鄙無恥了。